虽说土工膜对外界环境中的温度、湿度及紫外线的影响适应性强，使用寿命可达50年左右但是施工过程中也会出现问题需要解决。
1、地下水收集导排系统设置方式
在我国南方地区，雨水丰富，特别对于山谷型填埋场，地下水水位较高，应设计地下水收集导排系统。地下水收集导排系统可采用地下盲沟、碎石导流层及土工复合排水网导流层等几种形式。地下盲沟形式较为经济合理能有效的降低地下水水位，提高场底压实密度，以避免场底基础层长期受水浸泡，造成场底及边坡产生失稳破坏。在施工过程中经过几种方案的比较论证，采用地下盲沟形式；在整个填埋库区设置树根状主次盲沟，特别对于地下水丰富有泉眼的地方，针对性的设置盲沟导排地下水效果非常明显。
2、土工膜热胀冷缩的问题
土工膜热胀冷缩变形较大，因此在施工中应留出材料的热胀冷缩变形伸缩量。土工膜当天铺设当天完成，尽量减少皱褶及拖移，同时不宜拉得过紧，否则会因局部变形而产生的应力过大，造成土工膜破坏。
3、在渗滤液碎石导排层施工过程中对土工膜的保护问题
渗滤液导排层一般选用卵石或碎石等材料，厚度不应小于30cm，由于垃圾填埋区面积大，碎石摊铺的工程量非常大，如何解决在土工膜上碎石运输、摊铺过程中而防止产生破坏土工膜的问题非常关键。采用分区施工的作业方式，以每铺设4片膜作为一个作业单元，在土工膜上铺设5mm厚钢板作为材料运输通道，按一定间距铺设1.5米厚度以上的碎石便道，然后在便道上使用挖掘机由里到外摊铺碎石。通过防渗漏检测，这种施工措施对土工膜保护效果较好，极少损坏土工膜。
4、渗滤液的导排问题
渗滤液积累在土工膜上，会加快渗滤液的渗漏，应及时导排。将土工复合排水网调整到渗滤液导排层碎石下面较为合理，这样能加速渗滤液的导排，降低渗滤液渗透压力；同时在碎石摊铺及以后的营运过程中土工复合排水网可以更好的保护土工膜；在碎石层上增加一层无纺土工部进行反滤，这样可以使渗滤液收集系统具有长期的导排性能。